En vano se esforzaba el pequeño Juan Yepes, un huérfano de Fontivera, en Castilla, por aprender un oficio. Donde metía la mano se malograba el asunto. Dios tenía otros planes para él y le mostró el camino cuando entró a servir como ayudante de enfermero en el hospital de Medina. El administrador mandó al muchacho, piadoso y de buen corazón, a que estudiara, esperando que posteriormente pudiese ser su hábil capellán. Pero a los 18 años Juan Yepes entró con los carmelitas y recibió el nombré de Juan de la Cruz.

En la soledad de su celda y en oración constante, logró tener conocimientos tan profundos de la vida interior, que en su primer encuentro con Teresa de Ávila, ella reconoció la espiritualidad evangélica de Juan y se lo ganó para su gran causa reformadora.

Del sufrimiento y la persecución, brotó en santa Teresa y en san Juan de la Cruz la flor inmarcesible de la mística, que espiritualizó la devoción española del siglo XVI.

El primer convento de los Carmelitas Descalzos fue una casa campestre, destartalada y en mal estado, en Durvelo; las celdas de Juan de la Cruz y de su compañero de lucha, el padre Antonio, eran tan bajas, que sólo podían estar en ellas sentados o acostados. En los días de invierno, la nieve, de treinta y cinco centímetros de altura, cubría a veces sus hábitos. Descalzos iban a las aldeas vecinas para predicar y dar instrucción religiosa.

Algunos no pudieron olvidar el ejemplo y las palabras de los dos monjes y pidieron ser admitidos en la vida religiosa.

Juan de la Cruz los aceptó con alegría, como novicios. Tanto en Durvelo como en Pastrana y en Mancera, los instruía en la práctica de las oraciones y en el retiro.

En su celda solitaria a menudo tuvo muchos éxtasis, cuidadosamente ocultados de los hombres. En el más profundo arrobamiento escuchó la voz del Espíritu Santo en su alma. Así surgieron sus obras "La Subida al Monte Carmelo", "La Noche Oscura del Alma", "El cántico espiritual entre el alma y Cristo" y la "Llama de amor vivo".

Pero mientras lo veneraban en los conventos nuevos de los descalzos, considerándolo como su fundador y su guía, en las casas de la Orden antigua, abandonada por él, creció una oposición vehemente en contra suya y de santa Teresa. La envidia por sus éxitos llevó a sus contrincantes a proceder con violencia. En un Capítulo de la Orden fue condenado como un criminal, detenido y encerrado en la prisión de Toledo, en una buhardilla, donde sufrió muy mal trato y molestias por asquerosos insectos durante nueve meses. No le permitieron cambiarse de hábito ni de ropa interior. Casi se puede considerar como milagro el que un hombre débil y enfermo pudiera aguantar estas torturas y, a pesar de su agotamiento hubiera tenido el valor de huir en una noche oscura, echando mano de cobijas anudadas. Logró fugarse y olvidó las penas sufridas sin culpa. Ni una palabra de queja o de amargura salió de sus labios.